Özgün Candan Onarman Umu
Research Scientist
Biography
I am a researcher in bacteriology with professional responsibility for plant pathogenic bacteria.
My work mainly focuses on the diagnosis, identification, and surveillance of bacterial diseases in Norwegian forestry, agriculture, and horticulture, including quarantine pests, using a combination of classical and molecular approaches.
In addition, I contribute to international scientific activities through my membership in the EPPO Panel on Diagnostics in Bacteriology.
Beyond diagnostics and surveillance, my research interests include:
-
Diversity, adaptation, and plant interactions of pathogenic and non-pathogenic plant-associated bacteria
-
Processes influencing bacterial spread and persistence in natural and agricultural environments
-
Genomic and microbiome-based approaches to study bacterial–plant interactions and environmental responses
-
Bacteria associated with marine and algal environments, with a focus on their ecological roles and interactions
Authors
Knut Espevig Özgün Candan Onarman Umu Marit Sekse Inger-Lise Akselsen Carl-Henrik Lensjø AlvinAbstract
Pærebrann, forårsaket av bakterien Erwinia amylovora, er regulert som karanteneskadegjører i Norge. Formålet med forvaltningen er å forebygge, begrense og bekjempe videre spredning av sykdommen. Aksjon Pærebrann er et samarbeid mellom Mattilsynet og NIBIO, der Mattilsynet har ansvar for tiltak og forvaltning, og NIBIO bidrar med kartlegging, diagnostikk og kunnskapsstøtte. I 2025 ble forebyggende rydding av lett mottakelige vertplanter prioritert i Ullensvang, Drammen og Holmestrand kommuner. Det ble gjennomført kartlegging i 32 kommuner fordelt på åtte fylker. Det ble ikke påvist pærebrann i nye kommuner i 2025. Pærebrann ble for første gang i Norge påvist i rynkerose (Rosa rugosa), hagtorn (Crataegus monogyna) og dielsmispel (Cotoneaster dielsianus). Det ble også igangsatt et FoU-prosjekt for å forbedre metoder for utrydding av bulkemispel. Arbeidet som ble gjennomført i 2025 bekrefter at pærebrann fortsatt er en relevant plantehelseutfordring i Norge. Resultatene fra 2025 viser at vi har behov for mere kunnskap om smitte i andre vertplanter, pærebranns utbredelse i Norge, og effekt av forebyggende rydding av bulkemispel i områder hvor det finnes en rekke andre potensielle vertplanter som sykdommen kan etablere seg i. Pærebrannprosjektets viktigste mål er å redusere risikoen for spredning av pærebrann til viktige kjernefruktdyrkningsområder.
Authors
Jenny Merkesvik Lars Jordhøy Lindstad Özgün Candan Onarman Umu Ronja Marlonsdotter Sandholm Sabina Leanti La Rosa Torgeir R. Hvidsten Phillip Pope Bjørge WesterengAbstract
The gastrointestinal microbiota plays a pivotal role in shaping host physiology and health. By selectively promoting bacteria associated with improved host health, microbiota-directed fibers offer a strategy to enhance the beneficial functions of the microbiota. In this work, we developed a pH-controlled in vitro fermentation system (InVitSim) as a model to evaluate the effects of such a fiber—acetylated galactoglucomannan from Norway spruce—on the composition and functionality of porcine cecal microbial communities. We validated the experimental outcomes by comparing the response of the in vitro model to a previous in vivo feeding trial utilizing the same β-mannan fibers. Long-read sequencing with Oxford Nanopore, metatranscriptomics, and short-chain fatty acid measurements were undertaken to survey microbial community dynamics and functionality. Microbial communities in pigs and InVitSim responded similarly to β-mannan supplementation, with taxa like Prevotella , Catenibacterium, and Faecalibacterium increasing in abundance. Intriguingly, some taxa were observed to be more affected by β-mannan supplementation in InVitSim than in vivo . These taxa included several bacterial species that were not previously known to utilize β-mannan, yet exhibited upregulated genes encoding carbohydrate-active enzymes involved in the degradation of this substrate. IMPORTANCE In this study, we establish a fermenter system able to preserve more than 70% of over 300 distinct microbial taxa identified in the porcine cecal gut. The in vitro model and the functional omic data generated from it enabled us to identify relevant microbial populations that responded to the presence of AcGGM by upregulating β-mannan-specific polysaccharide utilization loci. Our results highlight the value of in vitro approaches as a complementary tool to in vivo trials for learning about the gastrointestinal microbiome's response to dietary interventions on the host level.
Authors
Wiktoria Kaczmarek-Derda Trygve S. Aamlid Ingerd Skow Hofgaard Tatsiana Espevig Khaled Murad Agha Anette Sundbye Zahra Bitarafan Kirsten Tørresen Heidi Udnes Aamot Andrea Ficke Gunda Thöming Annette Folkedal Schjøll Håvard Eikemo Anne Muola Therese With Berge Belachew Asalf Tadesse Jorunn Børve Arne Stensvand Nina Trandem Gunnhild Jaastad Bjørn Arild Hatteland Katherine Ann Gredvig Nielsen Nina Johansen Charles Kwadha Inger Sundheim Fløistad Martin Pettersson Zhibo Hamborg Carl Jonas Jorge Spetz Dag-Ragnar Blystad Özgün Candan Onarman Umu Marit Skuterud Vennatrø Jan Philip Øyen Solveig Haukeland Tor-Einar Skog Roger Holten Anne Straumfors Valborg Kvakkestad Line Ulberg Tveiten Ingrid FlatlandAbstract
I Jordbruksoppgjøret 2025 (Prp. 149 S (2024 – 2025)) ble det enighet om at kunnskapsstatus og -behov innen plantehelseområdet fra 2019 måtte oppdateres. Det er gjort i form av denne rapporten. Den bestilte utredningen er avgrenset til skadegjørere og planteverntiltak som er relevante for jord- og hagebruk. Utredingen tar for seg kunnskap, prosjekter og kunnskapshull siden 2019 og fram til i dag (2026). Kapittel 1 omtaler metodebruk og plantevern i et beredskapsperspektiv. Kapittel 2.1-2.8 omhandler status for utfordringer med skadegjørere og tilgang til planteverntiltak for alle aktuelle plantekulturer for ugras, skadedyr og sopp. Kapittel 2.9 gir en oversikt over godkjente og utgåtte plantevernmidler siden 2019. Kapittel 2.10 omhandler skadegjørere hvor kjemiske plantevernmidler er i begrenset bruk. Det vil si virus, bakterier og nematoder. Kapittel 3 tar for seg ny teknologi og innovative metoder for integrert plantevern og faktorer som påvirker bruken av disse. Kapittel 4 omhandler miljø- og helseeffekter knyttet til bruk av kjemiske plantevernmidler, hvilke plantekulturer som utgjør størst risiko for negative miljøeffekter og faktorer som reduserer helserisikoen. Kapittel 5 tar for seg næringens behov og utviklingstrekk knyttet til kunnskap, rådgivning og tiltak. Dette kapittelet ser også på årsaker til eventuelle endringer i bruk av og behov for plantevernmidler som følge av for eksempel miljøkrav.
