Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2019
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Inga Greipsland Johanna Skrutvold Roger Roseth Øistein Johansen Thor Endre Nytrø Rikard Pedersen Jonas ReinemoSammendrag
På oppdrag fra Bane NOR har NIBIO overvåket vannkvalitet i resipienter som kan motta avrenning fra anleggsarbeider i forbindelse med Follobanen.NIBIO har driftet opp til 9 automatiske målestasjoner utstyrt med multiparametersensorer for overvåking av vannkvalitet. I tillegg har det blitt tatt ut vannprøver ved 14 stasjoner og utført biologiske undersøkelser ved 4 stasjoner samt i Gjersrudtjern. Overvåkingen har pågått i bekker nedstrøms riggområdet på Åsland, i bekker sør for stasjonsområdet på Ski og langs anleggsområdet mellom Ski og Langhus. Årsrapporten omfatter alle resultater samlet inn på disse stasjonene i 2018 og har blitt sammenlignet med tidligere resultater.
Forfattere
Sjur Spildo PrestegardSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Ievina SturiteSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Marit JørgensenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Katrin ZimmerSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Dario Isidro Ojeda Alayon Tiina M. Mattila Tom Ruttink Sonja T. Kujala Katri Kärkkäinen Jukka-Pekka Verta Tanja PyhäjärviSammendrag
Compared to angiosperms, gymnosperms lag behind in the availability of assembled and annotated genomes. Most genomic analyses in gymnosperms, especially conifer tree species, rely on the use of de novo assembled transcriptomes. However, the level of allelic redundancy and transcript fragmentation in these assembled transcriptomes, and their effect on downstream applications have not been fully investigated. Here, we assessed three assembly strategies for short-reads data, including the utility of haploid megagametophyte tissue during de novo assembly as single-allele guides, for six individuals and five different tissues in Pinus sylvestris. We then contrasted haploid and diploid tissue genotype calls obtained from the assembled transcriptomes to evaluate the extent of paralog mapping. The use of the haploid tissue during assembly increased its completeness without reducing the number of assembled transcripts. Our results suggest that current strategies that rely on available genomic resources as guidance to minimize allelic redundancy are less effective than the application of strategies that cluster redundant assembled transcripts. The strategy yielding the lowest levels of allelic redundancy among the assembled transcriptomes assessed here was the generation of SuperTranscripts with Lace followed by CD-HIT clustering. However, we still observed some levels of heterozygosity (multiple gene fragments per transcript reflecting allelic redundancy) in this assembled transcriptome on the haploid tissue, indicating that further filtering is required before using these assemblies for downstream applications. We discuss the influence of allelic redundancy when these reference transcriptomes are used to select regions for probe design of exome capture baits and for estimation of population genetic diversity.
Forfattere
Eva Narten HøbergSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Finn-Arne HaugenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Bjørn Egil FløSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag