Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2010
Forfattere
Jens Rohloff Per Winge Jahn Davik May Bente Brurberg K Mockaitis V Shulaev SK Randall Atle Bones Muath AlsheikhSammendrag
In order to support functional genomics research in octoploid (Fragaria x ananassa Duch.) and diploid (F. vesca) strawberry, a customized Fragaria microarray chip was developed as a joint collaboration between Graminor Breeding Ltd. and NTNU. F. vesca cDNA sequences were provided by The Center for Genomics and Bioinformatics, Indiana University (an assembly of >3 million reads from GS-FLX Titanium - Roche/454 Life Sciences sequencing), and about 59,000 publicly available Fragaria EST sequences were uploaded from NCBI. In addition, ~190 Mb of preliminary draft genome sequences from F. vesca were provided by the Strawberry Genome Sequencing Consortium (courtesy to V. Shulaev). cDNAs used as templates for probe design were validated by BlastN against the F. vesca draft genome excluding cDNAs of microbial origin. Genes not represented in the cDNA collection were identified by screening F. vesca draft genome against protein sequences from Arabidopsis thaliana, Vitis vinifera, Ricinus communis and Populus trichocarpa. Exon sequences from genes not found in the cDNAs were included. In total, 43723 unique 60-mer probes were designed and the Agilent eARRAY tool was used to produce a 4x44k format microarray chip. Fragaria chip applicability and feasibility for transcriptional profiling was investigated using either abiotic (low temperature) or biotic (pathogenic fungi) stress treatment. Microarray data will be subsequently integrated with other omics data to address gene-regulatory networks and biological functions. Cold acclimation experiments were focused on short- and long-term effects in meristematic tissue, and revealed the up-regulation of ~100 cold-responsive genes (transcription factors, dehydrins, enzymes), and transcripts involved in starch breakdown and raffinose biosynthesis. Beside central metabolism, secondary metabolism was also strongly modulated as seen by changes in the expression of flavonoid biosynthesis-related genes. Time-course studies of transcriptional responses in F. vesca accessions showing contrasting resistance toward the pathogen Phytophthora cactorum are in progress, and will be presented in-depth.
Sammendrag
Phytophthora cactorum, den sopp-lignende skadegjøreren som forårsaker kronråte i jordbær, kan overleve i mange år i jorda og det er ingen god måte å bli kvitt skadegjøreren på når den har kommet inn i et felt eller en planteskole. Smittede planter trenger ikke umiddelbart å vise symptomer, noe som gjør skadegjøreren enda mer vanskelig å hanskes med. Selv om det er variasjon i mottakelighet, er så godt som alle jordbærsorter i kommersiell bruk, mottakelige. Vi vet imidlertid at resistente varianter finnes innenfor jordbæras nære slektninger, foreldreartene Fragaria virginiana og Fragaria chiloensis. Det er mye uklarhet omkring hva som ligger bak forskjeller i kronråteresistens, og siden en slik forståelse er viktig for håndteringen i en foredlingssammenheng, ønsker vi å undersøke dette. Jordbæra (Fragaria x ananassa) og dens nevnte foreldrearter er imidlertid oktoploide - de har 8 sett kromosomer - noe som gjør dem vanskelig å bruke i genetiske studier. Vi, og mange andre forskergrupper, har derfor valgt å fokusere på en enklere modellplante for å finne basiskunnskap som vi i ettertid håper å kunne overføre til de dyrkede jordbæra.
Forfattere
May Bente Brurberg Xiaoren Chen Jahn Davik Håvard Eikemo Inger Martinussen Monica Skogen Yang Hu Abdelhameed Elameen Sonja KlemsdalSammendrag
Phytophthora cactorum causes crown rot in strawberry (Fragaria x ananassa Dutch.), which is characterized by wilting and eventually collapse of the plant. An efficient control measure is the use of resistant cultivars, however most commercial cultivars are susceptible to the disease. The aim of our work is to generate basic knowledge about P. cactorum resistance as well as to develop genetic markers that can be used as tools for development of resistant cultivars. The genetic complexity of the octoploid cultivated strawberry, has led to development of the diploid wild strawberry (F. vesca) as a model system for Fragaria. We have identified suitable parents after screening accessions of diploid Fragaria sp. for resistance [1], and generated a mapping population which we are currently characterizing. In order to study the plant-pathogen interaction in detail we have identified and characterized resistance genes from diploid strawberry and effector genes from P. cactorum using different transcriptional analysis techniques; nucleotide-binding site (NBS)-profiling for resistance genes, and suppression subtractive hybridization (SSH) as well as a designed effector-specific differential display (ESDD) for genes involved in pathogenicity. This work is supported by The Research Council of Norway. [1] Eikemo H, Brurberg MB, Davik J (2010). Resistance to Phytophthora cactorum in diploid Fragaria species. HortScience. 45:193-197.
Forfattere
Brita Toppe Maria HerreroSammendrag
I perioden 2006-2009 er det i norske gartnerier gjenomfort registrering av soppsjukdommar i begonia (Begonia x hiemális og Begonia x cheimántha). Både kjente og nye patogen er påvist. Spesielt store utfall er registrert ved åtak av to nye arter: Fusarium foetans og Phytophthora taxon niederhauserii
Forfattere
Maria Herrero Brita ToppeSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Brita Toppe Maria HerreroSammendrag
Økt handel med planter øker risikoen for spredning av plantesjukdommer. Dette ser vi spesielt i prydplanter, der nye sjuldomsfremkallende arter påvises forholdsvis ofte. Phytophthora taxon niederhauserii er et eksempel på ny art som vi nå påviser i flere ulike veksthusplanter i Norge.
Sammendrag
Pseudosoppen P. ramorum er mest kjent i Norge for å forårsake ramorum- greinvisnig hos rododendron og andre prydbusker. Høsten 2009 ble patogenet for første gang også påvist på blåbær i Norge. Blåbærbuskene vokste under infisert rododendron
Forfattere
Gunn Mari Strømeng Andrew Dobson Abdelhameed Elameen Sonja S. Klemsdal Jorunn Børve Arne Stensvand Thomas SundelinSammendrag
Artikkelen forteller om Colletotrichum acutatum i norsk jordbærproduksjon, om vertplanter for soppen, om genetiske analyser av soppisolater fra ulike vertplanter og smitteforsøk i jordbær og kirsebær.
Forfattere
Maria Herrero Brita ToppeSammendrag
P. ramorum, en potensiell karanteneskadegjører, ble påvist for første gang i Norge i 2002, på rododendron. Siden den gang er patogenet påvist hvert år, mest på rododendron, men også på andre planter i planteskoler og hagesentre. Sjukdommen er også funnet i grøntanlegg og hager, bl.a. på eik og blåbær, hovedsakelig på Sør-Vestlandet.
Forfattere
Maria Herrero Brita ToppeSammendrag
Den varmekjære pseudosoppen P. aphanidermatum forårsaker i Norge bare problemer i veksthus. Selv om patogenet ikke representerer noe problem på friland, vet vi at det kan overleve og formere seg i norsk klima. Under visse omstendigheter kan P.aphanidermatum angripe bjørk, og sannsynligvis andre planter i norsk vegetasjon.