Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2011
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Fusarium langsethiae er et stort problem i nordisk kornproduksjon. Den forekommer i hovedsak på havre, men finnes også på bygg og i svært liten grad i hvete. Når kornet blir angrepet av Fusarium- sopper kan man vanligvis se skadene fra soppen og dermed vurdere hvor stort angrepet er. Dette er ikke tilfelle for F. langsethiae, som opptrer uten symptomer på havre. Dette kan gi en falsk trygghet, fordi akkurat denne arten produserer de mest giftige av Fusarium trichothecenene, T-2 og HT-2 toksin. For å forstå mer om F. langsethiae har vi studert genuttrykket av soppen under tre forskjellige betingelser, 1) på havrekorn, 2) på blomstrende havreaks og 3) på et næringsrikt vekstmedium. Den tredje prøven ble brukt som sammenligningsgrunnlag. Fra disse tre eksperimentene har vi sekvensert de aktive soppgenene. Vi har benyttet en ny metode (454 pyrosekvensering) som gir ufattelige mengder data, i dette tilfellet 1,3 millioner sekvenser. Man bruker deretter bioinformatiske verktøy for å finne ut hvilke biologiske mekanismer som fungerer under de forskjellige betingelsene. Vi vil presentere noen resultater fra dette studiet. F. langsethiae er foreslått å være i slektskap med F. sporotrichioides, som produserer de samme toksinene, HT-2 og T-2. Denne vurderingen er gjort på bakgrunn av sekvensering av enkelte gener, sammenligning av metabolske profiler, morfologisk karakter mm. Resultater fra vår studie, som er basert på store menger sekvensdata, viser at F. langsethiae har mer likhet med en annen viktig sopp, F. graminearum. Denne Fusarium-arten produserer toksinet deoxynivalenol (DON), og er vanlig å finne i norsk korn. Dette viser at selv om to arter produserer samme toksiner, trenger de ikke være i nært slektskap. En annen egenskap som er funnet hos F. langsethiae, er sannsynlig produksjon av en ny forbindelse som til nå ikke er kjent i norsk korn. Ingen andre Fusarium arter er kjent for å produsere denne metabolitten. På korn-mediet er alle genene som behøves for syntesen av dette stoffet, høyt uttrykt. Neste skritt er å se om vi finner stoffet i kornprøver. Giftigheten til dette stoffet er fremdeles ukjent, men det kan vise seg å utgjøre et nytt problem hvis det er vanlig forekommende i havre. Dette viser at med bioinformatiske metoder kan man avdekke nye egenskaper som i utgangspunktet er skjulte hos soppene.
Sammendrag
Fusarium langsethiae er et stort problem i nordisk kornproduksjon. Den forekommer i hovedsak på havre, men finnes også på bygg og i svært liten grad i hvete. Når kornet blir angrepet av Fusarium- sopper kan man vanligvis se skadene fra soppen og dermed vurdere hvor stort angrepet er. Dette er ikke tilfelle for F. langsethiae, som opptrer uten symptomer på havre. Dette kan gi en falsk trygghet, fordi akkurat denne arten produserer de mest giftige av Fusarium trichothecenene, T-2 og HT-2 toksin. For å forstå mer om F. langsethiae har vi studert genuttrykket av soppen under tre forskjellige betingelser, 1) på havrekorn, 2) på blomstrende havreaks og 3) på et næringsrikt vekstmedium. Den tredje prøven ble brukt som sammenligningsgrunnlag. Fra disse tre eksperimentene har vi sekvensert de aktive soppgenene. Vi har benyttet en ny metode (454 pyrosekvensering) som gir ufattelige mengder data, i dette tilfellet 1,3 millioner sekvenser. Man bruker deretter bioinformatiske verktøy for å finne ut hvilke biologiske mekanismer som fungerer under de forskjellige betingelsene. Vi vil presentere noen resultater fra dette studiet. F. langsethiae er foreslått å være i slektskap med F. sporotrichioides, som produserer de samme toksinene, HT-2 og T-2. Denne vurderingen er gjort på bakgrunn av sekvensering av enkelte gener, sammenligning av metabolske profiler, morfologisk karakter mm. Resultater fra vår studie, som er basert på store menger sekvensdata, viser at F. langsethiae har mer likhet med en annen viktig sopp, F. graminearum. Denne Fusarium-arten produserer toksinet deoxynivalenol (DON), og er vanlig å finne i norsk korn. Dette viser at selv om to arter produserer samme toksiner, trenger de ikke være i nært slektskap. En annen egenskap som er funnet hos F. langsethiae, er sannsynlig produksjon av en ny forbindelse som til nå ikke er kjent i norsk korn. Ingen andre Fusarium arter er kjent for å produsere denne metabolitten. På korn-mediet er alle genene som behøves for syntesen av dette stoffet, høyt uttrykt. Neste skritt er å se om vi finner stoffet i kornprøver. Giftigheten til dette stoffet er fremdeles ukjent, men det kan vise seg å utgjøre et nytt problem hvis det er vanlig forekommende i havre. Dette viser at med bioinformatiske metoder kan man avdekke nye egenskaper som i utgangspunktet er skjulte hos soppene.
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Fusarium graminearum causes head blight disease in wheat, and to help understand the infection process we studied global gene expression of F. graminearum in a time series of 24 to 196 hours after inoculation, compared to a water control. The infection is rapid and already after 48h over 4000 genes is expressed. The number of genes expressed increased over time up to 96h (>8000 genes), and went down again 144h and 192h post inoculation. After subtraction of genes found expressed on complete media, during C and N starvation, and on barley, only 355 were found exclusively expressed in wheat, mostly ones with unknown function (72,6%). These were mainly found in SNP enriched islands on the chromosomes, suggesting a higher evolutionary selection pressure of wheat specific genes. The annotated genes found were enriched in functional groups involved in allantoin and allantoate transport, detoxification, nitrogen, sulfur and selenium metabolism, secondary metabolism, carbohydrate metabolism and degradation of polysaccharides and ester compounds. Several putative secreted virulence factors were also found expressed in wheat.
Forfattere
Merete Wiken Dees Panu Somervuo Erik Lysøe Arild Sletten Jari P. T. Valkonen Arne HermansenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag