Arealbrukskategorien vann og myr inkluderer innsjøer, elver, myr og andre områder som er dekket eller mettet av vann store deler av året. Det er kun ferskvann som regnes med under vann og myr. Områder med saltvann, slik som hav og tidevannsumper er ikke med i klimagassregnskapet . Vann og myr utgjør nesten 12% av Norges landareal. Myr kan være tresatt, uten å tilfredsstille definisjonen av skog (minimum 10 % kronedekning).
Mesteparten av vann og myr anses å ikke være forvaltet, og det rapporteres ikke utslipp eller opptak fra disse arealene, med unntak av trær. Derimot anses både myrområder som benyttes til uttak av torv, områder som står under vann som følge av neddemning (kraftutbygging/damanlegg) og myr som er drenert som forvaltet.
I forbindelse med torvuttak blir det rapportert utslipp både fra den drenerte myra (on site emissions) og for utslipp fra torva som fjernes fra myra (off site emissions). Man regner med at arealet som det høstes fra slipper ut klimagasser i mange år etter at myra er drenert, og det rapporteres utslipp både fra metan (CH4), lystgass (N2O) og CO2. I Norge er det estimert at det er ca. 20.000 daa med drenert myr. For utslippet fra torva som fjernes er det kun CO2 som rapporteres. Dette rapporteres som umiddelbart utslipp for det året torva høstes. Hvor mye torv som høstes varierer fra år til år.
Med drenerte myrer i kategorien vann og myr menes myrer som har blitt drenert, men som ikke har fått endret arealbruk som f.eks. til dyrket mark. Det kan dreie som arealer som har blitt drenert med intensjonen om å bruke arealene til nydyrking, men hvor dette av en eller annen grunn har feilet.