Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2009
Forfattere
Øystein Johnsen Igor A. Yakovlev Carl Gunnar FossdalSammendrag
Temperature during zygotic and somatic embryogenesis regulates an epigenetic memory in Picea abies. Conditions colder than normal advance the timing of bud burst and bud set, whilst temperatures above normal delay the onset of these processes. The long-lasting memory affects growth and hardiness in the field. We made a search of candidate genes and micro RNAs that could regulate the memory, using specialized library sequencing approaches. Two subtracted cDNA libraries, representing genes that are mainly expressed in plants from a cold (CE) or a warm (WE) embryogenesis, revealed considerable differences in the transcriptomes. Many contigs were unknown. We used qRT-PCR to demonstrate that five genes with no matching in the database were differentially expressed in close correlation with the memory-induced differences in bud set. Partial sequencing of two concatemerized small RNA libraries revealed 199 different small RNAs, with predominant length of 21-nt. We found 24 novel candidate miRNAs among them, and 4 described earlier. Most of the predicted miRNA targets were related to unknown and “no-hit” genes, 5 target different disease-related genes, and 4 contigs were homologous to described functional genes. Using qRT-PCR we confirmed that three selected genes regulated by miRNAs pab-miR100, 175 and 176, could to be involved in the memory regulation. Additionally, several novel miRNAs; pab-miR080, 105, 119, 122, 132, 144a,b and 157 were differentially expressed between epigenetically distinct plants. Our data illustrates that micro RNAs will guide us to candidate genes that are putative elements in the epigenetic machinery, regulating the long-lasting memory that affects adaptive traits in this species.
Forfattere
Geir Mathiesen Anita Sveen May Bente Brurberg Lasse Fredriksen Lars Axelsson Vincent EijsinkSammendrag
Background: Lactobacillus plantarum is a normal, potentially probiotic, inhabitant of the human gastrointestinal (GI) tract. The bacterium has great potential as food-grade cell factory and for in situ delivery of biomolecules. Since protein secretion is important both for probiotic activity and in biotechnological applications, we have carried out a genome-wide experimental study of signal peptide (SP) functionality.Results: We have constructed a library of 76 Sec-type signal peptides from L. plantarum WCFS1 that were predicted to be cleaved by signal peptidase I. SP functionality was studied using staphylococcal nuclease (NucA) as a reporter protein. 82% of the SPs gave significant extracellular NucA activity. Levels of secreted NucA varied by a dramatic 1800-fold and this variation was shown not to be the result of different mRNA levels. For the best-performing SPs all produced NucA was detected in the culture supernatant, but the secretion efficiency decreased for the less well performing SPs. Sequence analyses of the SPs and their cognate proteins revealed four properties that correlated positively with SP performance for NucA: high hydrophobicity, the presence of a transmembrane helix predicted by TMHMM, the absence of an anchoring motif in the cognate protein, and the length of the H+C domain. Analysis of a subset of SPs with a lactobacillal amylase (AmyA) showed large variation in production levels and secretion efficiencies. Importantly, there was no correlation between SP performance with NucA and the performance with AmyA.Conclusion: This is the first comprehensive experimental study showing that predicted SPs in the L. plantarum genome actually are capable of driving protein secretion. The results reveal considerable variation between the SPs that is at least in part dependent on the protein that is secreted. Several SPs stand out as promising candidates for efficient secretion of heterologous proteins in L. plantarum. The results for NucA provide some hints as to the sequence-based prediction of SP functionality, but the general conclusion is that such prediction is difficult. The vector library generated in this study is based on exchangeable cassettes and provides a powerful tool for rapid experimental screening of SPs.
Forfattere
Igor A. Yakovlev Harald Kvaalen Carl Gunnar Fossdal Øystein JohnsenSammendrag
MicroRNAs (miRNAs) are endogenous small RNAs that can have large-scale regulatory effect and could participate in epigenetic regulation of gene expression in plants. We show for the first time that temperature during zygotic embryogenesis and seed maturation in Norway spruce regulates an “epigenetic memory” in the progeny, regenerated through somatic embryogenesis. The warmer the in vitro temperature applied, the later the regenerated plants formed terminal buds in the common environment the second growth season. The differences were very large, and similar in size to a provenance separation of 4 – 6 degrees of latitude (Kvaalen and Johnsen, 2008). To study a molecular mechanisms of a memory from embryo development we have prepared two concatemerized small RNA libraries representing small RNAs predominantly expressed in plants growing from seeds obtained after embryogenesis in cold environment (CEL) and warm environment (WEL) after short day (SD) treatment (going to bud set). In total we obtained 201 different small RNAs, with dominated length of 21-nt, 123 from WEL and 93 from CEL. Using multiple methods, including BLAST, sequence alignment and sequence folding we found 27 novel candidate miRNAs and only 3 earlier described. Additionally 103 small RNAs have exact matches in spruce EST database, which could be their putative targets and 67 small RNAs have no matches. We used quantitative RT–PCR to study the expression patterns of 31 chosen candidate miRNAs and monitor the occurrence stage-dependent miRNA-mediated cleavage for 4 regions of putative mRNA targets. All miRNA show difference in transcript levels after SD treatment and 12 miRNAs show constitutively differential expression in progeny from CE and WE. Kvaalen H, Johnsen O (2008) Timing of bud set in Picea abies is regulated by a memory of temperature during zygotic and somatic embryogenesis. New Phytologist 177: 49-59
Forfattere
Dinh Duong Nguyen Mai Phuong Nguyen Van Anh Le Le Thu Ho Anh Tuan Tran Kim Anh Nguyen Marit Almvik Ole Martin Eklo Nina Svae Johansen Einar Nordhus Hans J. OvergaardSammendrag
Prosjektet "Demonstrating and Scaling-up Sustainable Alternatives to DDT and other Toxic Chemicals and Strengthening National Integrated Pest and Vector Management (IPVM) Capabilities in Asia" er et samarbeid mellom Norwegian Institute for Agricultural and Environmental Research (Bioforsk) og Ministeriene innen Helse, jordbruk og miljø i Sri Lanka, Thailand, og Vietnam in nært samarbeid med World Health Organisation (WHO); United Nations Environment Programme (UNEP); og Food and Agricultural Organisation (FAO).Prosjektet har vært finansiert av Det kongelig Norske Utenriksdepartement, via regionkontoret I Bangkok gjennom Bioforsk og dekker en periode på 30 måneder (April 2007-September 2009). Bioforsk har koordinert aktiviteter innen Integrert plantevern (IPM) og integrert vektorkontroll(IVM) tilsammen (IPVM-Needs Assessments) i de tre prosjektlandene Thailand, Vietnam og SriLanka.Formålet med prosjektet har vært å legge grunnlaget for å etablere og demonstrere en integrert intersektoriell tilnærming for å kontrollere skadegjørere i jordbruk og sykdom innen helse. (IPVM). Prosjektet skal ende opp med en prosjektsøknad I samarbeid med nasjonale partnere, WHO, UNEP, and FAO. Søknaden vil bli sendt til Global Environment Facility (GEF) og andre donorer for å støtte et 5 årig prosjekt initiativ for å demonstrere å skalere opp bærekraftige alternativer til DDT, inkludert IPVM for å styrke nasjonal vektorkontroll i Sørøst Asia. Målgrupper er bønder, kvinner, barn og forbrukere, nasjonale og lokale forvaltning; lokale miljøgrupper, NGO-er, forhandlere, forskere og studenter.Hovedkonseptet med prosjektet er at skadeinsekter i jordbruk og sykdomsbærende insekter (mygg som sprer malaria og dengui) ofte forekommer I de samme områdene. Slike områder med intensivt jordbruk og bruk av kjemiske plantevernmidler kan påvirke kontroll av sykdomsbærende insekter ved økt risiko for resistens samtidig som nytteorganismene avtar. Dette kan medføre mer bruk av kjemiske insektmidler for å kontrollere sykdomsbærende organismer og reintroduksjon av persistente, billige POPs insektmidler som for eksempel DDT. Videre har prosjektet som mål å utvikler tversektorielt samarbeid for å kontrollere skadeinsekter innen jordbruk og sykdomsbærende insekter.Denne rapporten er et resultat av aktiviteter gjennomført innen prosjektets rammer.
Forfattere
Vibeke LindSammendrag
The general aim of this thesis was to gain more knowledge on how the sensory profile and fatty acid composition of meat from lambs were affected when lambs were finished on concentrate and roughage or different types of pastures. The different types of pastures were mountain pastures, cultivated pastures, ryegrass pastures and semi-natural pastures. The effect of gender on meat quality was examined as well. To evaluate the effects of these factors, three studies were performed.In the first study (Paper I) the sensory profile and fatty acid composition in meat from lambs slaughtered directly from unimproved mountain pastures was compared with meat from lambs raised on unimproved mountain pastures and fattened on biodiverse cultivated pastures for 26, 39 and 42 days, respectively, before slaughter. This experiment was conducted at two different locations in Norway in 2006 and 2007, with a total of 124 Norwegian White Sheep (NWS) lambs. Loin samples of M. Longissimus dorsi from lambs above a live body weight of 40 kg were selected and analysed for sensory attributes, and fatty acid composition was determined in the subcutaneous fat over the Longissimus dorsi. Significant differences were found in the sensory attributes of hardness, tenderness, fattiness, metallic and rancid flavour, and in the polyunsaturated fatty acid content between the two treatments.The effects of the different production systems on sensory attributes and fatty acid composition were examined in the second study (Paper II). 150 NWS lambs grazed on the same semi-natural lowland pasture with their dams for three months or more. The effect of pre-slaughter fattening on meat quality was compared using a control group of lambs slaughtered directly from the pasture. Four pre-slaughter treatments were established: weaning and indoor-feeding on concentrate and grass silage for either 44 or 24 days before slaughtering (Conc44, Conc24), and grazing on ryegrass pasture for the same periods (Rye44, Rye24). Loin samples of M. Longissimus dorsi including the subcutaneous fat over the muscle from 15 carcasses from each treatment were analysed for sensory attributes and fatty acid composition. A lower intensity of acid taste was observed in meat from lambs in treatment Conc44 compared with meat from lambs in the control treatment. A higher content of the fatty acids C16:0, C18:1n-9 and C18:2n-6 and the n-6/n-3 ratios was related to meat from lambs fed concentrate, while a higher content of the fatty acids C18:0, C18:1t-11 and C18:3n-3 was found in meat from grazing lambs. In the third study (Paper III), the effect of gender and feeding on the fatty acid composition and sensory profile of meat from NWS lambs was investigated. Lambs from the 2006 treatment in Northern Norway in Study I were used in the first experiment including 22 female and 22 male lambs. In addition, all lambs from Study II, including 46 female and 29 male lambs, were used in the second experiment. Loin samples of M. Longissimus dorsi were analyzed for sensory profile and fatty acid composition. All lambs were slaughtered in September. There were no significant differences in sensory profile between lambs in experiment 1, while in experiment 2, meat from male lambs had higher scores for cloying and rancid flavour and lower scores for sour and sweet taste compared to meat from female lambs. The main conclusions from the present study are that finishing lambs on cultivated pastures can alter the sensory profile and fatty acid composition acquired on mountain pastures to a small degree. Finishing lambs indoors on concentrate and roughage can also alter the fatty acid composition in the meat compared to meat from lambs that graze on semi-natural pastures during the summer. The differences in sensory profile between genders in favour of the meat from female lambs indicate that females may be prioritised over males and off-season fresh meat should preferably be produced from female lambs. Furthermore, male lambs should be given the optimum conditions to be prepared for slaughter early in the season thereby reducing the risk of quality problems. Meat from lambs that is not ready for slaughter when gathered from natural and semi-natural pastures in the autumn should be marketed separately.
2008
Forfattere
Anne Sverdrup-Thygeson Tor Erik Brandrud Harald Bratli Frode ØdegaardSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Det finnes mange soppmidler (fungicider), men bare noen av dem er tillatt brukt i grøntanlegg. Endringer kan skje fra år til år. Plantevernmidler blir som regel godkjent for en 5-års periode før de revurderes av Mattilsynet. Oversikt over hvilke plantevernmidler som er tillatt brukt i norske grøntanlegg finnes i Plantevernguiden. Nyttige opplysninger er også tilgjengelige i Plantevernleksikonet og i preparatlister fra Mattilsynet. Se link til disse kildene i teksten under.
Sammendrag
Rapporten vurderer ut fra eksisterende litteratur og ved hjelp av modell- og prognosekjøringer konsekvensen av ”hogstfredning” og ulike omløpstider i skog på karbonbinding. Resultatene antyder at høyest samlet karbonbinding i vegetasjon og jord vil oppnås ved lengre omløpstider (anslagsvis 30-50 år på middels bonitet) enn de såkalt ”normale” omløpstider i skogbruket. Det knytter seg først og fremst usikkerhet til trærnes vekst og avdøing ved utvidet omløpstid. Bledningshogst er vurdert til ikke å være et realistisk alternativ til ensalderskogbruket når det gjelder å øke karbonbinding i skog. Prognoser på landsbasis viser at den produktive skogen i Norge vil øke til en biomasse på ca. 2.1 milliarder tonn (i trær og jord) i løpet av 50 år, dersom den ble fredet fra hogst. Den årlige karbonbindingen ville da øke i en periode på 30 år for deretter gradvis å avta på grunn av skogens alderssammensetning. Med dagens hogstnivå i 50 år framover, vil biomassen i skog bygge seg opp til 1,5 milliarder tonn (i trær og jord). Høsting av GROT (greiner og topper) til energiformål vil bety lite for de totale karbonmengder i skog. Reduksjonen i CO2-utslipp ved utstrakt bruk av GROT (60-70% av potensialet) til energiformål vil ligge i størrelsesorden 1,5-2% av de totale norske utslippene i dag. Dersom man skulle bruke 3 millioner m3 tynningsvirke til bioenergiformål i tillegg til å nytte GROT, vil CO2 besparelsene totalt ligge på 3,5-4,5% av dagens norske utslipp.
Forfattere
Inger Sundheim FløistadSammendrag
Det er mange plantevernmidler som er godkjent mot ugras, men bare noen av dem er tillatt brukt i grøntanlegg. Endringer kan skje fra år til år. Plantevernmidler blir som regel godkjent for en 5 års-peride, før de revurderes av Mattilsynet. Oversikt over hvilke plantevernmidler som er tillatt brukt i norske grøntanlegg finnes på Plantevernguiden.no. I denne artikkelen gis en oversikt over ugrasmidler som er godkjente for bruk i 2008
Redaktører
Bernt-Håvard ØyenSammendrag
• Skogarealene på kysten er i en labil situasjon, preget av stor arealvekst. Det er forventet at de produktive skogarealene på kysten de kommende 50 år vil øke fra 31 til om lag 40 mill dekar. Høyere sommertemperatur kan gi et ytterligere pådriv i denne arealveksten, både gjennom heving av skoggrensen og ved at snaue arealer i låglandet og på fjellet vil kunne få skogdekning. – • Kystens stående volum er i dag på 217 mill m3 og med en bruttotilvekst på 7,3 mill m3. De langsiktige prognosene for hogstkvantum viser forskjellig nivå knyttet til restriksjoner (driftsforhold, miljøelementer) og investeringsnivå (skogkultur). Det laveste balansekvantum (store restriksjoner, lite investeringer) ligger på 3,7 mill m3, mens det høyeste angir 8,5 mill m3 (små restriksjoner, store investeringer). Dagens hogst ligger på ca. 1,7 mill m3, slik at potensialet for økning de kommende tiårene må betegnes som meget stort. – • Ulike treslag viser en meget stor forskjell i ytelse, både målt som volum, tørrstoff, kWh eller som kr. På de mest produktive arealene med bartreplantninger er forventet produksjon i gjennomsnitt over 2 m3/daa/år over et omløp, og middelproduksjonen i kulturfelter av gran er på 1 m3/daa/år på Vestlandet og 0,5 m3/daa/år for Nord-Norge. For kysten samlet er produksjonen i dag på om lag 0,25 m3/daa/år, men denne verdien kan økes en god del gjennom ulike skogskjøtselstiltak. Forventet klimautvikling vil kunne øke skogarealenes produktivitet, men samtidig kan det komme tilbakeslag via mer vind- og snøskader, div. insekter og råte etc. […]