Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2020
Forfattere
Rui Xia Yalin Yang Xingliang Pan Chenchen Gao Yuanyuan Yao Xuewei Liu Tsegay Teame Fengli Zhang Juan Hu Chao Ran Zhen Zhang Jihong Liu Clarke Zhigang ZhouSammendrag
Quorum quenching (QQ) blocks bacterial cell-to-cell communication (i.e., quorum sensing), and is a promising antipathogenic strategy to control bacterial infection via inhibition of virulence factor expression and biofilm formation. QQ enzyme AiiO-AIO6 from Ochrobactrum sp. M231 has several excellent properties and shows biotherapeutic potential against important bacterial pathogens of aquatic species. AiiO-AIO6 can be secretory expressed in Bacillus subtilis via a non-classical secretion pathway. To improve AiiO-AIO6 production, four intracellular protease-deletion mutants of B. subtilis 1A751 were constructed by individually knocking out the intracellular protease-encoding genes (tepA, ymfH, yrrN and ywpE). The AiiO-AIO6 expression plasmid pWB-AIO6BS was transformed into the B. subtilis 1A751 and its four intracellular protease-deletion derivatives. Results showed that all recombinant intracellular protease-deletion derivatives (BSΔtepA, BSΔymfH, BSΔyrrN and BSΔywpE) had a positive impact on AiiO-AIO6 production. The highest amount of AiiO-AIO6 extracellular production of BSΔywpE in shake flask reached 1416.47 U/mL/OD600, which was about 121% higher than that of the wild-type strain. Furthermore, LC–MS/MS analysis of the degrading products of 3-oxo-C8-HSL by purification of AiiO-AIO6 indicated that AiiO-AIO6 was an AHL-lactonase which hydrolyzes the lactone ring of AHLs. Phylogenetic analysis showed that AiiO-AIO6 was classified as a member of the α/β hydrolase family with a conserved “nucleophile-acid-histidine” catalytic triad. In summary, this study showed that intracellular proteases were responsible for the reduced yields of heterologous proteins and provided an efficient strategy to enhance the extracellular production of AHL lactonase AiiO-AIO6.
Forfattere
Yuan-Yuan Yao Ya-Lin Yang Chen-Chen Gao Feng-Li Zhang Rui Xia Dong Li Juan Hu Chao Ran Zhen Zhang Jihong Liu Clarke Zhi-Gang ZhouSammendrag
Aquaculture is a fast‐growing and rapidly expanding industry in the world. Probiotics are widely used in aquaculture and have provided benefits to aquatic animal health, and it is also a promising alternative to antibiotics for control of fish diseases. With the development of biotechnology, new expression systems and novel techniques for the surface display of heterologous proteins in surface of probiotics cells have been developed. This review provides an overview of the systems and strategies for displaying functional proteins on the surface of probiotics commonly used in aquaculture, which are Bacillus subtilis, Bacillus thuringiensis, lactic acid bacteria represented by Lactococcus lactis and yeast. Their applications in aquaculture especially for oral vaccine development afforded by this technology and prospects and challenges associated with this technology are also highlighted.
Sammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Johannes DeelstraSammendrag
Klimaendringer antas å føre til mer nedbør, som kan resultere i økning av avrenning og tap av næringsstoffer. Denne rapporten presenterer resultater fra målinger foretatt ved Kvithamar lysimeterforsøk under både god og dårlig drenering. Resultatene viser, noe overraskende, at det er mindre grøfteavrenning ved dårlig drenering samtidig som tap av næringsstoff øker. Det er stor variasjon i både avrenning og tap av næringsstoffer mellom grøftene. Grunnvannsnivået ser ut til å endres fortere under gode dreneringsforhold. God drenering fører til mindre overflateavrenning, noe som har en positiv effekt på reduksjon av erosjon.
Forfattere
D. Vanella D.S. Intrigliolo S. Consoli G. Longo-Minnolo G. Lizzio R.C. Dumitrache E. Mateescu Johannes Deelstra J.M. Ramírez-CuestaSammendrag
The reliability of short-term weather forecast provided by COSMO model in simulating reference evapotranspiration (ET0) was evaluated in 7 study sites distributed in 4 countries (Italy, Norway, Romania and Spain). The main objective of the study was to assess the optimal scenario for calculating ET0, using the FAO-56 Penman-Monteith (PM) equation, by separately considering the accuracy in the use of “past” and “forecast” data input. Firstly, each forecasted variable (air temperature, Tair; relative humidity, RH; wind speed, u2; solar radiation, Rs) and ET0 were compared with in situ observations at hourly and daily scales. Moreover the seasonality effect in the forecast performance was evaluated. Secondly, simulated ET0 were computed every three days with: (i) a “past scenario” that used the observed data input measured in situ during the previous three days, (ii) a “forecast scenario” that used the forecasted input variables for the next three days; and compared with (iii) actual ET0 obtained from the in situ measured data. A general good agreement was found between observed and forecasted agro-meteorological parameters at the different explored time-scales. The best performance was obtained for Tair and Rs, followed by RH and u2. Globally, the comparison between ET0 from the measured and forecasted data input showed high performance, with R2 and RMSE of 0.90 and 0.68 mm d−1. ET0 simulations resulted more accurate using the “forecast scenario” (1.7% overestimation), rather than using the “past scenario” (2.6% underestimation). These results open promising perspectives in the use of forecast for ET0 assessment for different agriculture practices and particularly for irrigation scheduling under water scarcity conditions.
Forfattere
Johannes DeelstraSammendrag
Hotranfeltet ligger i Levanger kommune i Nord-Trøndelag. Det totale arealet er på 20 000 daa, og i 2017 utgjorde jordbruksarealet 12 725 daa. Dyrket areal er dominert av korn (56 %). Bygg utgjør 96 % av kornarealet. Stubbareal gjennom vinteren utgjorde 23 % av totalarealet vinteren 2017/2018. Engarealet utgjorde 40 %. Antall gjødseldyrenheter i 2017 var 0,16 GDE/daa, en liten reduksjon sammenlignet med 2016 (0,18). Gjennom-snittet for hele perioden har vært 0,15 GDE/daa.
Forfattere
Johannes DeelstraSammendrag
Skuterudfeltet er dominert av korndyrking. I 2017/2018 var årstemperaturen (6,1 °C), litt lavere enn gjennomsnittet for overvåkingsperioden (6,4 °C) mens årsnedbøren (956 mm) var litt større enn gjennomsnittet (906 mm). Års-avrenningen var på 641 mm som var cirka 100 mm mer enn gjennomsnittet for overvåkingsperioden (551 mm). Nitrogen- og fosforgjødslingen i 2017 var omtrent likt gjennomsnittet for overvåkingsperioden. 61 % av jordbruks-arealet lå i stubb gjennom vinteren, betydelig mer enn for fjoråret og gjennomsnittet for hele overvåkingsperioden. Resten av arealet lå som pløyd, harvet eller sådd. Tap av fosfor (TP) og nitrogen (TN) var større enn gjennomsnittet for overvåkingsperioden, mens tap av suspendert stoff (SS) var betydelig mindre enn gjennomsnittet. I 2017/2018 ble det påvist plantevernmidler i alle de 14 analyserte vannprøvene. Det ble til sammen gjort 48 funn av 12 ulike midler. Det ble påvist mellom 1 og 8 ulike midler i én enkelt prøve. Ugrasmidlet glyfosat ble analysert for og påvist i alle prøvene, men kun i konsentrasjoner som antas ikke å ha noen negativ effekt i vannmiljø (<MF-verdien). Ugrasmidlet propoksykarbazon ble påvist for første gang i feltet, og ett av funnene var i en konsentrasjon nær miljøfarlighetsverdien (MF).
Sammendrag
Klimaendringer vil føre til både mer nedbør og flere episoder med høy nedbørintensitet. En økning i nedbør kan føre til økning både i overflate- og grøfteavrenning. Spørsmålet blir hvordan grøftesystemer i Norge skal utformes når det må tas hensyn til denne økningen i nedbør. Rapporten presenterer resultater fra målinger av grunnvannsnivå og grøfteavrenning i et mindre forsøksfelt på Jæren i Rogaland. Et viktig formål med målingene har vært å få bedre forståelse av effekten av et etablert grøftesystem på variasjonen i grunnvannsnivå i perioder med mye nedbør, og evaluere grøftesystemets evne til å håndtere økt nedbør.
Forfattere
Johannes DeelstraSammendrag
Nedbøroverskudd fører til en økning i grunnvannsnivået som kan ha negative innvirkninger på vekstutvikling og påvirke laglighet for jordarbeiding. Rapporten viser resultater fra en analyse foretatt på grøfteavrenning målt i JOVA-feltene Øvre Time, Vandsemb og Bye. Både flashinessindeksen og halveringstiden er beregnet. Flashiness-indeksen beskriver variasjonen i avrenningen, mens halveringstiden er tiden det tar å få redusert grøfteavrenningen til 50% av nivået ved starten av en resesjonsperiode. Resultatene viste at grøftesystemet reagerte svært raskt og dermed ser ut til å fjerne overskuddsvannet raskt ut av jordprofilet.
Forfattere
Johannes DeelstraSammendrag
Nedbøroverskudd fører til en økning i grunnvannsnivået som kan ha negative innvirkninger på vekstutvikling og påvirke laglighet for jordarbeiding. Rapporten viser resultater fra en analyse oretatt på grøfteavrenning målt i JOVA-feltene Øvre Time, Vandsemb og Bye. Både flashinessindeksen og halveringstiden er beregnet. Flashiness-indeksen beskriver variasjonen i avrenningen, mens halveringstiden er tiden det tar å få redusert grøfteavrenningen til 50% av nivået ved starten av en resesjonsperiode. Resultatene viste at grøftesystemet reagerte svært raskt og dermed ser ut til å fjerne overskuddsvannet raskt ut av jordprofilet.