FYTOBIOM

Et fytobiom (phytobiome) er den kombinerte effekten av alle de biotiske og abiotiske faktorene som påvirker plantens vekst. Det vil si påvirkningen av alle de organismene en plante har interaksjoner med (mikrobiomet, insekter mm) samt effekten av de abiotiske faktorene som jordkvalitet, klimaforhold (lysforhold, nedbør, temperatur mm) på plantens helse og resulterende grøde.

Vi fokuserer på den del av fytobiomet som kalles mikrobiomet til planten. Et mikrobiom er alle de mikroorganismene man kan finne på og ved planten. Vi ønsker å identifiserer alle mikroorganismer som er assosiert med bedre grøde og plantehelse hos potet og hvete.

Patogene mikroorganismer har en svært negativ effekt på planten og er skyld i store tap for landbruket, andre mikroorganismer på og ved plantene har liten eller ingen påviselig effekt men det finnes også mikroorganismer som kan ha en svært positiv effekt på plantenes vekst og grøde igjennom å påvirke opptak av næringsstoffer eller ved å hemme eller drepe patogener.

Grunnet det enorme antallet på mikroorganismer som finnes på og ved planter er det en svært komplisert affære å påvise og korrekt identifisere alle de som er assosiert med en plante. Ny sekvenseringsteknologi som vi nå har på NIBIO gjør at dette nå er innen rekkevidde.

Vi bruker molekylærbiologiske og bioinformatiske metoder for å finne alle bakterier, sopp og oomyceter som er tilstede. Metabarcoding og metagenomic bruker vi nå til identifisering av mikrooganismer. Dette er en form for DNA identifisering som kan påvise og skille mellom tusenvis av arter i en og samme prøve. Vi utvikler egne bioinformatiske analyser som er tilpasset det å påvise og skille mellom de mikroorganismene som finnes assosiert med hvete og potet.

Vi bruker så denne DNA baserte informasjonen til å identifisere og isolere de mikroorganismene som er assosiert med bedre plantehelse som dermed kan ha nytte for landbruket. I tillegg muliggjør de metodene vi utvikler kartleggingen av det totale mangfoldet (biodiversiteten) av mikroorganismer som finnes på disse viktige landbruksplantene. I tillegg kan metodene påvise om helt nye skadelige mikroorganismer dukker opp her i landet og om antallet forekomster av kjente plantepatogener stiger i våre åkre.