Bringebær og jordbær – plantevirus og vektorer i et klima i endring

Prosjektets mål er å øke produksjonspotensialet av bær i et nytt og endret klima ved å bruke høykvalitets, virustestet mormateriale, forbedret bekjempelse av virussjukdommer basert på kunnskap om vektorer, og sikring av friskt, verdifullt plantemateriale.
Viktige delmål er:

1. Diagnostikk og genetisk karakterisering av jordbærvirus i Norge og virus i bringebær i både Tsjekkia og Norge ved hjelp av dypsekvensering (High-Throughput Sequencing, HTS) og PCR.
2. Identifisering av potensielle vektorer i dyrkingsfeltene.
3. Framstilling av høykvalitets, virustestet kjernemateriale og sikring av både plantehelsestatus og genressurser ved kryopreservering
4. Langtidsbevaring av «levende» virusisolater og deres genomsekvenser ved kryopreservering

Arbeidspakker og milepæler

WP1 Virus og virusdiagnostikk

Arbeidspakkeleder i Norge: Dag-Ragnar Blystad
Både jordbær og bringebær er vanskelige med hensyn på virusdiagnostikk i tillegg til at disse vekstene infiseres med mange forskjellige virus. Det er derfor et stort behov for å forbedre diagnosemetodene.

1.1    Studere forekomst av virus I jordbær og bringebær I Norge og Tsjekkia ved hjelp av dypsekvensering (High-throughput sequencing, HTS).

1.2    Forbedre virus diagnostikk med spesielt fokus på forbedrede PCR-metoder.

1.3    Kartlegging - teste minst 300 prøver av jordbær (NO) og bringebær (NO, CZ) fra forskjellige lokaliteter.

WP2 Vektorer

Arbeidspakkeleder i Norge: Nina Trandem.
Vi ønsker å få økt kunnskap om insekter og midd som kan fungere som vektorer for plantevirus i bringebær og jordbær.

2.1    Kartlegging virus og vektorer I Norge og Tsjekkia.

2.2    Registrering og identifisering av insekter og midd som er knyttet til innsamlede planteprøver (se punkt 1.3).

2.3    Virustesting av mulige vektorer.

2.4    Sammenligning av forekomst av vektorer i Norge og Tsjekkia.

WP3 Framstilling av høykvalitets, virustestet kjernemateriale og sikring av både plantehelsestatus og genressurser ved kryopreservering

Å rense et plantemateriale for virus er tidkrevende. Nye og bedre rensemetoder – terapier – er derfor nødvendig. Et rent plantemateriale tas aller best vare på ved hjelp av kryopreservering.
Arbeidspakkeleder i Norge: Zhibo Hamborg.

3.1 Virusrensing av plantemateriale av bær ved hjelp av terapi-metoder.

3.2 Sikring av verdifullt, friskt plantemateriale av jordbær og bringebær ved hjelp av forbedrede og nye metoder for kryopreservering.

WP4 Langtidsbevaring av «levende» virusisolater og deres genomsekvenser ved kryopreservering

Arbeidspakkeleder i Norge: Zhibo Hamborg.
Å ta vare på levende, virusinfisert plantemateriale er viktig for å ta vare på viktige isolater i deres opprinnelige vertplanter. Dette er viktig både for å ha positive kontroller i testingsarbeidet, men også for framtidige studier av virus-vert relasjoner.

4.1 Utvelging av virus – vert kombinasjoner for kryopreservering.

4.2 Innsamling av data om virusisolatene (inkludert genom-sekvenser).

4.3 Verifisering av virus og viruslokalisering i vertplanten.

4.4 Kryopreservering av virusinfiserte plantemateriale av jordbær og bringebær, pluss tilhørende informasjon lagret på datafilm i "GeneEver" sin kryobox.

4.5 Validering av metoder.

4.6 Validering av metoder med hensyn på virus, inkludert genetisk stabilitet, overlevelse og infektivitet.

WP5 Kommunikasjon og formidling 

Arbeidspakkeleder i Norge: Dag-Ragnar Blystad.